De grootste begunstigde van GPS is de burgerluchtvaart. Alle moderne navigatiesystemen worden ondersteund door GPS, maar systemen in de vorm van VOR- of NDB-ontvangers en traagheidsnavigatie komen nog steeds veel voor, vooral in de commerciële luchtvaart, en GPS heeft hier over het algemeen alleen een ondersteunende functie.
Theoretisch, mits goedkeuring, laten de nauwkeurigheid (P / Y-signaal) zelfs automatische landingen toe, op voorwaarde dat de middellijnen van de start- en landingsbanen vooraf werden gemeten, d.w.z. h. de coördinaten zijn bekend en DGPS wordt ook gebruikt. Sommige onbemande luchtvaartuigen, zoals EuroHawk, gebruiken deze techniek.
Het is momenteel gedeeltelijk goedgekeurd in de commerciële luchtvaart. Of een nadering alleen is toegestaan met de GPS als navigatiesysteem, hangt af van de zichtomstandigheden, het gebruikte systeem (GPS, DGPS) en de uitrusting van het vliegtuig en de landingsbaan. De Verenigde Staten spelen hier een voortrekkersrol, maar op GPS gebaseerde benaderingen worden ook steeds gebruikelijker in Europa.
GPS-ontvangers zijn vooral populair in kleine vliegtuigen zoals zweefvliegtuigen of ultralichte vliegtuigen die geen radio-navigatieontvangers hebben. Omdat de piloot zich meer kan concentreren op de begeleiding van het vliegtuig via de navigatieondersteuning, verhoogt dit ook de veiligheid. Navigatie via GPS alleen is echter niet toegestaan, zodat zich in het geval van een systeemstoring geen gevaarlijke situaties voordoen, zoals een gebrek aan brandstof door verlies van oriëntatie of het betreden van goed te keuren ruimtes.
Net als bij het gebruik in motorvoertuigen zijn er zowel permanent geïnstalleerde systemen als achteraf aangebrachte apparaten. Met name het gebruik van PDA’s met verbonden GPS-muizen neemt snel toe in het recreatiegebied omdat een krachtig navigatiesysteem beschikbaar is met weinig inspanning en kosten.